iRODSシステム

システム概要

ハードウェア構成

iRODSシステムは、以下のシステムで構成されています。

  • iRODS 4台
  • iRODS DB 2台(Active-Standbyによる冗長化構成)

ハードウェア仕様

iRODSシステムのハードウェア仕様を以下に示します。

システムiRODSiRODS DB
機種IBM System X3650 M5IBM System X3550 M5
CPUXeon E5-2620v3 2.4GHz 6コアXeon E5-2660v3 2.4GHz 10コア
メモリ32GB32GB
HDD300GB x2台(RAID1)300GB x2台(RAID1)

利用可能リソース

iRODSシステムではデータ領域として以下のファイルシステムが利用可能です。

  • 磁気ディスクシステム
  • GHIファイルシステム

iRODS概要

iRODSの概要は、こちらの「iRODSとは」を参照ください。

iRODS利用申請

iRODSの利用申請は、こちらの「利用申請」を参照ください。

iRODS利用方法

iRODSの利用方法は、こちらの「利用方法」を参照ください。

コマンドによる利用

ここでは、代表的なコマンドを紹介します。
iRODSのコマンドはicommandと呼ばれ、主にUNIXコマンドの頭にiが付いた形になっています。
各コマンドの詳細は、オプション-hを指定してヘルプを参照ください。

iRODSは、UNIXファイルシステムに類似したファイル空間を提供します。
以下にiRODSで使用する用語を示します。

用語説明

データオブジェクト:UNIXのファイルに相当します
コレクション:データオブジェクトの集まりです

initコマンド

ユーザ環境の初期化を行います。アカウントが発行されたら最初に実行してください。パスワードを聞かれますので、ユーザ登録時に連絡したパスワードを入力してください。

書式: iinit [オプション]

[実行例]

 $> iinit ↓
Enter your current iRODS password:  ←パスワードを入力後、エンター入力

パスワード認証に成功すれば初期化が完了します。これ以後は、icommand実行時にパスワードの入力が不要になります。

パスワードを間違えると下記のエラーが出力されます。

 $> iinit ↓
Enter your current iRODS password:  ←パスワードを入力後、エンター入力
[-]     libnative.cpp:336:native_auth_client_response :  status [CAT_INVALID_AUTHENTICATION]
  errno [] -- message [Call to rcAuthResponseFailed.]

failed with error -826000 CAT_INVALID_AUTHENTICATION

最初に接続したら必ず ipasswd でパスワードの変更を行ってください。

[実行例]

$> ipasswd ↓
Enter your current iRODS password:    ←現在のパスワードを入力後、エンター入力
Enter your new iRODS password:        ←新しいパスワードを入力後、エンター入力
Reenter your new iRODS password:      ←新しいパスワードを入力後、エンター入力

ilsコマンド

iRODS上のデータオブジェクトまたはコレクションを表示します。

書式:ils [オプション] データオブジェクト|コレクション ...

[実行例]

 $> ils -l testdata1 ↓
 $> ils -L colle1 ↓

オプションとして、-lを指定するとデータオブジェクトとコレクションの詳細を表示します。-L を指定するとより詳細に物理パスを表示します。
実行例の1行目はデータオブジェクトtestdata1の詳細を表示します。
2行目はコレクションcolle1内のデータオブジェクトを物理パス付で詳細を表示します。

icpコマンド

iRODS上のデータオブジェクトまたはコレクションを別のデータオブジェクトまたはコレクションにコピーします。

書式 : icp [オプション] コピー元オブシェクト|コレクション ... コピー先データオブジェクト|コレクション

[実行例]

 $> icp testfile1 testfile2
 $> icp -r colle1 colle2

オプションとして、-rを指定するとコレクションをコピーします。
実行例の1行目はデータオブジェクトtestfile1をtestfile2というオブジェクトにコピーします。
2行目はコレクションcolle1をcolle2というコレクションにコピーします。

iputコマンド

ローカルのファイルまたはディレクトリをiRODS上に保存します。保存先が指定されていない場合はiRODSのカレントディレクトリと入力ファイル名が使用されます。

書式: iput [オプション] ローカルファイル|ディレクトリ [... 保存先データオブジェクト|コレクション]

[実行例]

 $> iput /tmp/test1.dat test2.dat
 $> iput -r  /tmp/colle1 colle2

オプションとして、-rを指定するとディレクトリをコピーします。
実行例の1行目はローカル上のファイル/tmp/test1.datをiRODS上にtest2.datとして保存します。
2行目はローカル上のディレクトリ/tmp/colle1をiRODS上にclle2として保存します。

igetコマンド

iRODS上のデータオブジェクトまたはコレクションをローカルの指定した領域または現在の作業領域に取得します。

書式:iget [オプション] 取得元データオブジェクト|コレクション ... ローカルファイル|ディレクトリ 
[実行例]

 $> iget test2.dat /tmp/test3.dat
 $> iget -r coll2 /tmp/coll3

オプションとして、-rを指定するとコレクションをコピーします。
実行例の1行目はiRODS上のデータオブジェクトtest2.datを/tmp/test3.datに保存します。
2行目はiRODS上のコレクションcoll2を/tmp/coll3に保存します。

irmコマンド

iRODS上のデータオブジェクトまたはコレクションを削除します。

書式: irm [オプション] データオブジェクト|コレクション ...

[実行例]

 $> irm -f testfile2

デフォルトではデータオブジェクトまたはコレクションをゴミ箱へ移動します。
オプションとして、-fを指定するとゴミ箱に移動せず直ちに削除します。 -rを指定すると再帰的にコレクション内を削除します。

ゴミ箱のデータオブジェクトまたはコレクションはirmtrashコマンドで削除してください。
ゴミ箱のパスは/<zone名>/trash/home/<ユーザ名>/です。

[実行例]

 $> irmtrash ↓          ←ゴミ箱を空にします。
 $> irmtrash /KEKZone/trash/home/user1/testdata1

zone名の確認はienvコマンドのirods_zone_name変数を参照ください。

[実行例]

 $> ienv ↓         

Last-modified: 2016-08-30 (火) 13:56:40 (734d)