アプリケーションソフトウェア

代表的なソフトウェア

以下は、ワークサーバ、計算サーバ、並列サーバに導入されている代表的なソフトウェアです。

  • シェル
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
bash 4.2.46 4.2.46
tcsh 6.18.01 6.18.01
zsh 5.0.2 5.0.2
  • ターミナル
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
gnome-terminal 3.28.2 3.28.2
rxvt 9.21 -
  • エディタ
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
vi(vim) 7.4.629 7.4.629
emacs 24.3.1 1 24.3.1 1
  • 開発環境
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
java (OpenJDK) 1.6.034 1.6.0 34
java (OpenJDK) 1.8.0 34 1.8.0 34
Perl 5.16.3 5.16.3
Python 2.7.5 2.7.5
Python 3.73 -
Ruby 2.0.0 2.0.0
PHP 5.4.16 5.4.16
CVS (クライアント) 1.11.23 1.11.23
Subversion (クライアント) 1.7.14 1.7.14
git 1.8.3.1 1.8.3.1
git 2.26.0 3 -
  • コンパイラ
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
GNU(gcc) 4.8.5 4.8.5
GNU Compatible 7.5.03 -
GNU Compatible 8.3.03 -
GNU Compatible 9.3.03 -
Intel 2020 C++(icc/icpc) 3 3
Intel 2020 Fortran(ifort) 3 3
PGI C++ (pgcc/pgCC) 20.13 20.13
PGI Fortran (pgf77/pgf90/pgf95/pgfortran) 20.13 20.13
  • 並列ライブラリ
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
OpneMPI 1.10.73 1.10.73
OpneMPI 2.1.63 2.1.63
IntelMPI 2019 Update7 Build 202003123 2019 Update7 Build 202003123
  • 計算ライブラリ
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
Intel MKL 11.3 3 11.3 3
ScaLAPACK MKLに含む3 MKLに含む3
FFTW3 (3.2, without MPI) 3.2.1 3.2.1
FFTW3 (3.3, with MPI) 3.3.42 -
FFTW3 (IntelMKL) MKLに含む23 MKLに含む23
Boost 1.53.0 1.53.0
1.72.05 -
  • ジョブ実行
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
lsf 10.1.0.10 10.1.0.10
  • その他
ソフトウェア名 導入状況(ワーク) 導入状況(並列)
paps 0.6.8 0.6.8
evince (PDF viewer) 3.28.2 -
ddd 3.3.12 -
dvipdfmx 20200315 -
ghostview(gv) 3.7.4 -
ipython(python3.7) 7.12.0 3 -
cvmfs(クライアント) 2.7.1 -
tex texlive2019 -
xerces-c 3.1.1 -
Mathematica 12.0 -
TotalView 2020.0.25 -
abinit 7.0.156 -
Ansys 2020R2 -

Mathematica

ccw.cc.kek.jp(login.cc.kek.jp)もしくはccx.cc.kek.jpでMathematicaを実行することができます。
複数プロセスを実行する場合はccx.cc.kek.jpをご利用ください。

起動

起動コマンドを以下に示します。

  • GUI 起動コマンド
$> /usr/local/bin/mathematica
  • CUI 起動コマンド
$> /usr/local/bin/math
  • MathLink Template Compiler
$> /usr/local/bin/mcc

実行

使用形態は X 転送によるリモートアプリケーション利用となりますので、X 転送を有効にして SSH ログインしてください。 RedHat 系 OS での Mathematica 使用例を以下に示します。

  1. X 転送を有効にして ccw.cc.kek.jp(login.cc.kek.jp) にログイン (複数プロセスを実行する場合は ccx.cc.kek.jp を指定してログインしてください) 
[client ~]$ ssh -X ccw.cc.kek.jp
  または  
[client ~]$ ssh -X ccx.cc.kek.jp
  1. Mathematica 起動 
%> mathematica

TotalView

ワークサーバでTotalViewを実行することができます。

起動

使用形態はX 転送によるリモートアプリケーション利用となりますので、X 転送を有効にして SSH ログインしてください。 RedHat 系 OS での TotalView 使用例を以下に示します。

  1. X 転送を有効にしてワークサーバにログイン
[client ~]$ ssh -X ccw.cc.kek.jp
  または
[client ~]$ ssh -X ccx.cc.kek.jp
  1. TotalView起動 (2020.0.25)
$> cd /usr/totalview/bin
$> totalview（GUI)

$> totalviewcli(CLI)

使用方法の詳細は、TotalView Users Guide を参照してください。

Ansys

Ansysは2020年10月より利用のために申請が必要となりました。 利用に際しましては、利用案内ページに従って利用申請をお願いいたします。

  1. suspend-emacs は、CPU/メモリリソース大量消費による OS ハング等の問題が発生する可能性があるため、無効化されています。 ↩↩

  2. MPI 機能のある FFTW3 3.3 は/sw/packages/fftw/に導入されています。 (詳しくはこちら)。 ↩↩↩

  3. moduleコマンドで環境設定をする必要があります。Environment Modules を参照してください。 ↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩↩

  4. OpenJDKは/usr/lib/jvm/に導入されています。 ↩↩↩↩

  5. boost 1.72.0は/opt/boost-1.72.0/に導入されています。 ↩

  6. abinitは/sw/packages/abinitに導入されています。使用するにはmoduleコマンドで環境設定をする必要があります。Environment Modules を参照してください。 ↩